Setelah mendapatkan ikat kepala Nomor Satu, yang menyatakan dirinya sebagai yang terbaik di antara semua prajurit, Afro menghabiskan sebagian besar waktunya dalam kedamaian, meskipun malam-malamnya yang dipenuhi mimpi buruk tidak begitu tenang. Hidupnya kembali terjerumus ke dalam kekacauan ketika Jinno dan Sio, teman-temannya dari masa lalu, mengambil ikat kepala tersebut darinya, beserta sisa-sisa jasad ayahnya. Ditantang oleh Sio untuk mengenakan ikat kepala Nomor Dua lagi dan membalas dendam pada mereka atas perbuatan mereka, Afro memulai perjalanan lain sebagai pemakai ikat kepala tersebut—sebuah barang yang membuat siapa pun rela membunuhnya.

Afro Samurai: Resurrection mengikuti Afro saat ia bertarung dalam serangkaian pertempuran kedua melawan berbagai musuh, menembus lautan mayat di belakangnya agar ia dapat sekali lagi memuaskan dahaga balas dendamnya yang tak pernah padam.