Sejak kematian istrinya, Kouhei Inuzuka telah merawat putrinya yang masih kecil, Tsumugi dengan sebaik-baiknya. Namun, dengan kurangnya pengetahuan kuliner dan kesibukannya sebagai seorang guru, ia hanya bisa mengandalkan makanan siap saji dari minimarket untuk memberi makan gadis kecil itu. Merasa frustrasi dengan ketidakmampuannya sendiri dalam menyediakan makanan yang segar dan bergizi untuk putrinya, Kouhei menerima tawaran dari muridnya, Kotori Iida, untuk makan malam di restoran milik keluarganya. Namun pada kunjungan pertama mereka, ayah dan anak ini mendapati bahwa restoran tersebut sering tutup karena ibu Kotori sedang pergi bekerja dan Kotori sering makan sendirian. Setelah banyak permohonan dari muridnya, Kouhei memutuskan untuk tetap pergi ke restoran bersama Tsumugi untuk memasak dan berbagi makanan buatan sendiri yang lezat dengan Kotori.

Amaama to Inazuma mengikuti kisah mengharukan tentang seorang ayah yang penuh kasih sayang yang berusaha sekuat tenaga untuk membahagiakan putri kecilnya yang menggemaskan, sambil mengeksplorasi makna dan nilai di balik memasak, keluarga, dan hidangan hangat di rumah yang sering dianggap remeh.