Setelah Amagami SS, seorang siswa SMA, Junichi Tachibana melanjutkan hubungannya dengan para gadis di sekolahnya. Amagami SS+ Plus menawarkan sekilas tentang apa yang terjadi setelah resolusi cerita masing-masing gadis.

Kejadian-kejadian baru mulai terjadi di antara masing-masing gadis dan Junichi. Tsukasa Ayatsuji, perwakilan kelas, mencalonkan diri sebagai ketua OSIS; Rihoko Sakurai, yang telah mengambil alih Klub Minum Teh bersama Junichi, masih ingin mengungkapkan perasaannya kepadanya; Ai Nanasaki mempertanyakan masa depan hubungannya dengan Junichi saat dia berangkat kuliah; Kaoru Tanamachi bertanya-tanya apakah hubungannya dengan Junichi akan berlanjut lebih jauh; Sae Nakata dan Junichi berurusan dengan teman sekelasnya yang masih tidak percaya bahwa seseorang yang begitu imut adalah kekasihnya; dan Haruka Morishima ingin membawa hubungan mereka ke jenjang yang lebih tinggi dan menikah.