Satu tahun dapat mengubah hidup seseorang selamanya. 365 hari yang dihabiskan Kelas 3-E SMP Kunugigaoka bersama guru mereka yang eksentrik, Koro-sensei, tentu saja mengubah hidup mereka. Membawa kenangan tahun itu dekat di hati mereka, alumni Nagisa Shiota dan Karma Akabane kembali ke ruang kelas mereka yang lama untuk mengenang kembali kejadian-kejadian penting dalam hidup mereka.

Nagisa dan Karma diingatkan kembali oleh ruangan, meja, papan tulis, dan album kelas yang sudah tidak asing lagi, tentang kejadian-kejadian yang membentuk mereka menjadi “pembunuh” dan mempersiapkan mereka untuk menghadapi dunia nyata. Itu adalah warisan dari guru mereka yang seperti gurita-yang telah memperkenalkan dirinya dengan mengancam akan menghancurkan dunia jika mereka tidak membunuhnya pada akhir tahun ajaran-dan waktu yang dihabiskan di “Kelas Pembunuhan” yang aneh namun luar biasa.