Dua tahun setelah pengorbanan heroik Dark Schneider dalam pertempuran melawan Abigail, Kall-Su, anggota terakhir yang masih hidup dari Empat Raja Ilahi, hampir merebut kekuasaan global. Ketika kota dan kerajaan jatuh satu demi satu, mercusuar harapan terakhir umat manusia adalah sekelompok samurai yang dipimpin oleh pendeta tinggi Yoko Tia Noto. Namun, serangan brutal para letnan Kall-Su terhadap benteng samurai dengan cepat membuat situasi menjadi putus asa. Sekali lagi, satu-satunya cara Yoko untuk memperbaiki krisis yang berkembang dengan cepat adalah dengan menemukan jiwa Dark Schneider, yang tampaknya telah meninggalkan tubuh Lucien Renlen sejak runtuhnya kerajaan Metallicana.