Pada hari pertama sekolah menengah pertama, Mato Kuroi secara tidak sengaja bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan pendiam yang langsung membuatnya tertarik. Mato mencoba yang terbaik untuk bercakap-cakap dengan Yomi, ingin berteman dengannya. Pada awalnya, Yomi menghindar, tetapi kebekuan itu pecah ketika Yomi secara kebetulan melihat seekor burung biru hias yang menempel di ponsel Mato, yang berasal dari buku “Li’l Birds At Play.” Setelah mengetahui bahwa mereka memiliki ketertarikan yang sama, keduanya menjalin persahabatan yang kuat.

Di alam semesta alternatif, gadis-gadis muda ini hidup sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya memiliki efek pada dunia lain, dan tanpa menyadari fakta ini, para gadis itu tanpa sadar terjerat oleh benang takdir.