Kivotos adalah kota metropolitan federal yang terdiri dari ribuan sekolah dan dipimpin oleh Dewan Siswa Umum (GSC), yang bertindak sebagai badan pengaturnya. Ironisnya, meskipun merupakan kota akademi, Kivotos penuh dengan kekerasan bersenjata, dan semua siswa menggunakan senjata api sebagai bagian dari kehidupan sehari-hari mereka.

Seolah-olah krisis di Kivotos belum cukup, presiden GSC tidak dapat ditemukan di mana pun. Untungnya, sebelum dia tiba-tiba menghilang, presiden GSC meminta bantuan Sensei—seorang guru yang kemungkinan besar satu-satunya di Kivotos—untuk mendukung siswa di saat mereka membutuhkan. Tindakan pertama Sensei adalah membantu Sekolah Menengah Abydos, sebuah akademi yang dulunya bergengsi yang sekarang hanya memiliki lima siswa yang hadir. Para siswa yang tersisa ini melakukan segala yang mereka bisa untuk membayar utang akademi mereka yang melumpuhkan hampir satu miliar yen.