Mamoru Suzuhara adalah seorang siswa sekolah menengah atas yang tertutup dan menghabiskan waktu luangnya dengan membaca tentang peperangan modern. Setelah mengetahui bahwa pujaan hatinya, Aya Chiyono, akan pindah bersama keluarganya minggu depan, Mamoru mengumpulkan keberanian untuk mengajak Aya melarikan diri bersamanya. Alhasil, Mamoru, Aya, dan empat teman sekelasnya berangkat dan berkemah di Pabrik Batu Bara Satomi yang telah ditinggalkan. Setelah bersenang-senang di hari pertama mereka di sana, mereka sampai pada kesimpulan yang mengejutkan bahwa mereka mungkin tidak sendirian di pabrik tersebut.

Bokura no Nanokakan Sensou, yang diangkat dari novel dengan judul yang sama, adalah sebuah kisah tentang pemberontakan yang berkembang menjadi sebuah perang besar-besaran melawan orang dewasa. Sementara itu, anak-anak berjuang untuk membuka diri tentang perasaan mereka dan melindungi apa yang mereka sayangi.