Nariyuki Yuiga, seorang siswa kelas 3 SMA yang kurang mampu, bekerja tanpa kenal lelah untuk mendapatkan nominasi VIP, sebuah beasiswa yang akan menanggung semua biaya kuliahnya. Sebagai penghargaan atas kerja kerasnya, kepala sekolah memberikan beasiswa yang terkenal tersebut.

Namun, beasiswa ini diberikan dengan satu syarat: dia harus menjadi guru bagi murid-murid jenius di sekolah tersebut dalam mata pelajaran yang paling lemah! Bergabung dengan kelompok murid barunya adalah maestro matematika Rizu Ogata, yang ingin belajar humaniora; legenda sastra Fumino Furuhashi, yang ingin belajar sains; dan teman masa kecil Yuiga yang cerdas dalam bidang olahraga, Uruka Takemoto, yang tidak memiliki harapan dalam hal apapun.

Bokutachi wa Benkyou ga Dekinai mengikuti Yuiga saat ia mencoba mengajari ketiga muridnya yang eksentrik dalam serangkaian kejenakaan yang aneh dan lucu. Namun, ketika ambisi Ogata dan Furuhashi bertentangan dengan bakat mereka, akankah Yuiga dapat membantu murid-muridnya mencapai impian mereka?