Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen berlatar di dunia alternatif di mana Tomoya Okazaki menjalin hubungan dengan juniornya, Tomoyo Sakagami.

Tomoyo terpilih sebagai Presiden Dewan Siswa berikutnya di sekolah. Ini adalah kabar baik karena dia kini dapat bekerja menuju tujuannya untuk mencegah pohon sakura di sekolah ditebang. Meskipun Tomoya sangat senang untuknya, mengingat reputasinya sebagai siswa nakal di sekolah, hubungannya dengan Tomoyo membuat mereka menjadi bahan gosip di kampus, yang berpotensi merusak posisinya sebagai Presiden Dewan Siswa. Ketidaksetujuan komunitas sekolah terhadap hubungan mereka semakin jelas ketika Wakil Presiden Dewan Siswa dan bahkan pihak administrasi sekolah memperingatkan Tomoya untuk menjauh dari Tomoyo.

Dengan suasana yang buruk memperlebar jurang antara Tomoya dan Tomoyo, apakah Tomoya akan menyerah pada tekanan sosial dan mengikuti kata-kata mereka, ataukah cinta mereka satu sama lain akan melampaui semuanya?