Sejak kematian pria yang diyakini sebagai kaisar paling jahat di Britania satu tahun yang lalu, dunia telah menikmati perdamaian yang belum pernah terjadi sebelumnya di bawah bimbingan Perserikatan Bangsa-Bangsa. Namun, ketenangan yang rapuh ini hancur ketika para militan bersenjata berhasil menculik mantan putri Nunnally vi Britannia dan Suzaku Kururugi, penasihat utama Ksatria Hitam, yang memicu krisis internasional.

Kerajaan Zilkhstan yang kuat dan tidak dapat dipercaya dituduh mendalangi penculikan mereka. Untuk menyelidikinya, pihak berwenang dunia mengirim Kallen Stadtfeld dan rekan-rekannya dalam sebuah operasi rahasia ke negara tersebut. Di sana, mereka bertemu dengan penyihir abadi C.C., yang sedang dalam misi untuk menyelesaikan kebangkitan orang yang bertanggung jawab atas revolusi terbesar dalam sejarah – seorang legenda yang akan bangkit, mengambil alih komando, dan menyelamatkan dunia dari bahaya sekali lagi.