Kekaisaran Suci Britannia adalah negara kuat yang menggunakan kekuatan militernya untuk memperluas kekuasaannya, dan negara kepulauan kecil Jepang menjadi korban lainnya. Selama konflik dunia pada tahun 2010 yang dikenal sebagai Perang Pasifik Kedua, negara yang dulunya angkuh itu hancur berkeping-keping dan secara hina diganti namanya menjadi Area 11.

Namun, seorang siswa berencana untuk membebaskan Jepang dari kendali Britannia melalui pemberontakan yang luar biasa. Namanya Lelouch Lamperouge, dan ia dipenuhi kebencian terhadap Kekaisaran, berencana untuk menghapus nama terkutuknya dari muka planet ini. Rencana jahat Lelouch tiba-tiba dipercepat setelah bertemu dengan wanita misterius C.C., yang memberinya kemampuan supernatural yang dikenal sebagai Geass yang membuat siapa pun yang diperintah Lelouch tidak dapat menentang kehendaknya.

Kini dipersenjatai dengan kekuatan yang menghancurkan, Lelouch mengambil persona Zero, seorang tokoh revolusioner yang membawa harapan dan impian kaum tertindas di seluruh dunia. Dia bersumpah untuk memulihkan negara Jepang yang mulia dan memberikan pembalasan ilahi kepada Britannia.