Kehilangan orang yang dicintai begitu menyakitkan hingga seseorang kadang-kadang berharap dapat menghidupkan kembali mereka—kelemahan yang dimanfaatkan oleh Millennium Earl yang misterius. Untuk membuat senjata mekaniknya yang disebut “Akuma,” ia menggunakan jiwa-jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Setelah jiwa dimasukkan ke dalam Akuma, ia terjebak selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkannya adalah dengan mengusirnya dari wadahnya menggunakan senjata Anti-Akuma, “Innocence.”

Setelah tiga tahun menjadi murid Jenderal Cross, Allen Walker dikirim ke Black Order—organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl—untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan lengan sebagai Innocence-nya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa menderita di dalam Akuma, Allen dan rekan-rekan Exorcist-nya harus menghentikan rencana akhir Millennium Earl: rencana yang dapat menyebabkan kehancuran dunia.