Future Foundation berantakan setelah Final Killing Game dan terungkapnya pelakunya. Ketika sebuah rencana nekad muncul dari salah satu orang yang selamat untuk membersihkan dunia dari keputusasaan untuk selamanya, para anggota Future Foundation yang tersisa harus bersatu untuk menghentikan kekejaman ini agar tidak terjadi. Untungnya, mereka mendapat bantuan dari sekelompok sekutu yang tidak terduga saat mereka berpacu dengan waktu untuk menghentikan perubahan dunia mereka.

Dalam akhir dari alur cerita Hope’s Peak dari seri Danganronpa ini, para pemain dalam game kematian yang tidak pernah berakhir ini mulai memahami makna sebenarnya di balik keputusasaan, harapan, dan penebusan.