Makoto Naegi, seorang remaja yang tidak memiliki bakat luar biasa, terkejut ketika mengetahui bahwa ia telah diterima di Hope’s Peak Private Academy: sekolah elit yang mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun percaya bahwa penerimaannya hanyalah sebuah kebetulan, Naegi sangat senang bisa bersekolah di institusi yang terkenal karena menjamin kesuksesan bagi para siswanya. Dengan tekad bulat, ia memasuki pintu depan akademi yang bergengsi itu.

Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di ruang kelas yang tampaknya ditinggalkan. Gagal memahami bagaimana dia bisa sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkan, menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gym. Ketika semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadapkan pada kepala sekolah-Monokuma, boneka beruang robot. Mainan misterius ini menjelaskan bahwa para siswa baru terperangkap di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri-membunuh teman sekelas tanpa ketahuan.

Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan pada dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan membunuh Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.