Conan Edogawa, Detektif Bocah, dan Profesor Hiroshi Agasa memutuskan untuk mengunjungi Menara Kembar Nishitamashi. Di sana, mereka bertemu dengan Ran Mouri; sahabat terdekatnya, Sonoko Suzuki; dan ayah Ran, Kogorou yang terkenal. Setelah mengetahui bahwa trio tersebut akan menghadiri pembukaan resmi menara, Conan dan kawan-kawan ikut serta dalam tur pribadi di lantai-lantai menara.

Namun, saat persiapan untuk upacara pembukaan hampir selesai, kunjungan mereka mengambil arah yang tak terduga—tiga pembunuhan brutal terjadi, sepertinya terkait dengan Porsche 356A yang misterius. Tak lama setelah itu, saat Conan dan para detektif menyelidiki kasus tersebut lebih dalam, menara-menara itu diguncang oleh ledakan. Dengan api yang menyebar dengan cepat dan nyawa terancam, polisi berusaha keras untuk mengevakuasi semua orang. Namun, saat lift—satu-satunya cara untuk melarikan diri—rusak, Conan dan kawan-kawan terpaksa tertinggal. Dengan bantuan yang sedang dalam perjalanan, mereka berusaha mati-matian untuk menjaga keselamatan semua orang, tetapi waktu semakin sempit jika mereka ingin membawa pelaku keadilan.