Dalam cerita film ini, terjadi ledakan tiba-tiba di fasilitas raksasa Edge of Ocean di Tokyo Summit. Bayangan Tooru Amuro, yang bekerja untuk Biro Keamanan Badan Kepolisian Nasional sebagai Zero, muncul di lokasi tersebut. Selain itu, karakter “triple-face” dikenal sebagai Rei Furuya sebagai detektif dan murid Kogorou Mouri, dan dia juga dikenal sebagai Bourbon sebagai anggota Organisasi Hitam. Kogorou ditangkap sebagai tersangka dalam kasus ledakan tersebut. Conan melakukan penyelidikan untuk membuktikan bahwa Kogorou tidak bersalah, tetapi Amuro menghalanginya.