Anak-anak Terpilih terkejut setelah pengkhianatan Meicoomon, monster digital yang baru saja bergabung dengan kelompok mereka bersama rekan manusianya, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi bertekad untuk mendiagnosis infeksi yang menguasai Meicoomon. Sementara itu, Takeru Takaishi menyadari bahwa rekannya sendiri, Patamon, mulai menunjukkan gejala-gejala yang mengkhawatirkan yang mirip dengan Digimon yang terinfeksi, seperti Meicoomon.

Saat itu, Anak-anak Terpilih menerima pesan dari entitas misterius Homeostasis, yang memberi tahu mereka bahwa dunia mereka berada dalam bahaya kehancuran total – dan Dunia Digital, rumah para Digimon, juga. Homeostasis berencana untuk memberlakukan “Reboot”, yang akan mengatur ulang semua data yang membentuk Dunia Digital dan membasmi infeksi. Namun, Reboot juga akan menghapus ingatan semua Digimon, termasuk rekan-rekan Anak Terpilih. Dapatkah Anak-anak Terpilih menghentikan Meicoomon sebelum Reboot diperlukan, atau apakah ini merupakan akhir dari kebersamaan mereka dengan Digimon mereka?