Ketika pertama kali bertemu, petarung jalanan tak terkalahkan Masaru Daimon dan Digimon pemberontak Agumon menjadi teman dengan cara yang paling alami bagi duo yang ceroboh ini—dengan bertarung sepenuh hati. Tim yang menyebut diri mereka “tim ultimate” ini direkrut oleh organisasi pemerintah rahasia bernama Digital Accident Tactics Squad (DATS), yang menyaksikan pertarungan luar biasa antara manusia dan Digimon. Tujuan utama mereka adalah menyelidiki masalah misterius yang disebabkan oleh Digimon yang masuk ke dunia nyata, dan dunia saat ini sedang dalam krisis karena Digimon muncul dengan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya.

Bergabung dalam berbagai misi bersama DATS, Masaru dan Agumon menjadi rekan kerja dengan jenius remaja Touma Norstein dan Digimon partnernya Gaomon, serta Yoshino “Yoshi” Fujieda yang baik hati dan Digimon partnernya Lalamon. Saat kelompok ini terus menyelidiki peningkatan pesat Digimon di dunia mereka, kebenaran yang lebih gelap mulai terungkap.