Dua puluh tahun sebelum cerita ini dimulai, sebuah asteroid yang menuju Bumi menghancurkan Pluto. Akibat kehancuran Pluto, asteroid yang diberi nama Thanatos menjadi sementara terhenti. Kini, untuk menghindari kehancuran Bumi yang akan datang, Badan Pengembangan Sistem Surya Internasional (ISDA) mengerjakan “Proyek D” dan menciptakan “Dragonaut” setelah menemukan telur naga di bawah laut. Senjata ini bertujuan utama untuk menghancurkan asteroid saat waktunya tiba. Namun, mereka segera menyadari bahwa asteroid bukanlah ancaman satu-satunya, karena makhluk-makhluk naga yang kuat dan bertekad menghancurkan muncul di Bumi.

Setelah menyaksikan pembunuhan oleh salah satu makhluk tersebut, Jin Kamishina, seorang pemuda berusia 18 tahun yang kesepian dan kehilangan keluarganya dalam kecelakaan pesawat ulang-alik dua tahun lalu, terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot terpilih Dragonaut. Membantunya dalam perjalanannya adalah Toa, seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari kematian setelah makhluk tersebut menyerangnya. Seiring mereka semakin dalam menyelidiki misteri naga, mereka bertemu dengan teman dan musuh baru, serta mulai mengembangkan hubungan yang lebih dekat.