Ketika ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia terdorong hingga ke batasnya, dengan NERV berada di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Mari Makinami yang misterius.

Dengan bantuan unit Evangelion mekanik mereka, yang dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk menghadapi lawan-lawan mereka yang mengerikan, keempat jiwa muda ini bertempur mati-matian untuk melindungi orang-orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Namun, ketika rahasia yang mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar para pahlawan ini adalah para monster… atau manusia itu sendiri?