Empat belas tahun setelah Tabrakan Ketiga, Bumi menjadi gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang dikenal Shinji Ikari hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Evangelion Unit-01, dia ditemukan kembali dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Makinami yang terkenal, hanya untuk menemukan dirinya sebagai tahanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan pengawalnya, Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan penuh kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menerima konsekuensi dari tindakannya.

Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan dikembalikan ke markas NERV. Di sana, dia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Namun, jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji mendapati bahwa musuh-musuhnya bukan lagi para Malaikat, melainkan mantan rekannya. Dalam konfrontasi pahit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.