Perang Cawan Suci Kelima di Kota Fuyuki telah mencapai titik balik di mana nyawa semua peserta terancam karena musuh yang tersembunyi akhirnya menampakkan diri. Ketika Shirou Emiya, Rin Toosaka, dan Illyasviel von Einzbern menemukan sifat asli dan korup dari bayangan yang telah merajalela di seluruh kota, mereka menyadari betapa mengerikannya situasi ini. Untuk melindungi orang-orang yang mereka cintai, kelompok ini harus bertahan melawan kekuatan musuh yang tampaknya tidak dapat diatasi-bahkan jika beberapa di antara mereka dulunya adalah sekutu mereka, atau mungkin, sesuatu yang lebih intim.

Ketika babak terakhir dari perang yang kacau ini dimulai, cita-cita yang Shirou yakini akan segera ditantang oleh dilema yang menyiksa: mungkinkah menyelamatkan dunia di mana segala sesuatunya tampak kacau?