Dengan laporan tentang monster yang meneror reaktor di Gunung Nibel, Perusahaan Listrik Shinra mengirimkan pasukan elit tempur mereka, SOLDIER, untuk menyelidiki. Didampingi oleh rekan SOLDIER Kelas Pertama Zack Fair dan sekelompok kecil penjaga perusahaan, pahlawan perang Sephiroth ditugaskan untuk menilai kondisi reaktor Mako atas perintah perusahaan. Di Nibelheim, desa yang disuplai listrik oleh reaktor tersebut, Sephiroth menemukan sumber monster-monster tersebut dan asal-usul Proyek Jenova legendaris Shinra.

Bulan-bulan kemudian, Zack berlari melintasi hutan. Ia bukan lagi pahlawan yang pernah ia impikan. Ia melarikan diri dari Departemen Urusan Umum Perusahaan Listrik Shinra, yang lebih dikenal sebagai Turks, yang berusaha keras untuk menyembunyikan bukti yang ada dalam diri keduanya.