Haruka Nanase memiliki kecintaan terhadap air dan hasrat untuk berenang. Di sekolah dasar, ia berkompetisi dan memenangkan lomba lari estafet bersama ketiga temannya, Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki dan Makoto Tachibana. Setelah meraih kemenangan di turnamen itu, keempat sahabat ini berpisah. Bertahun-tahun kemudian, mereka bertemu kembali sebagai siswa sekolah menengah; namun, Rin tidak peduli untuk kembali seperti dulu. Bukan hanya karena ia bersekolah di sekolah yang berbeda, tetapi satu-satunya hal yang penting baginya adalah membuktikan bahwa ia adalah perenang yang lebih baik daripada Haruka.

Setelah reuni yang pahit, Haruka, Nagisa, dan Makoto memutuskan untuk membentuk Klub Renang SMA Iwatobi, tetapi mereka membutuhkan anggota keempat jika mereka ingin ambil bagian dalam turnamen yang akan datang. Masuklah Rei Ryuugazaki, mantan anggota tim atletik yang direkrut oleh Nagisa. Saat waktu untuk berkompetisi semakin dekat, keempatnya mengembangkan ikatan yang erat sambil berlatih dengan intens untuk menjadi yang terbaik dan menyelesaikan masalah antara Haruka dan Rin untuk selamanya.