Mengejar seorang alkemis yang melarikan diri dengan kekuatan aneh, kakak beradik Edward dan Alphonse Elric tersandung ke lembah kotor Milos. Bangsa Milos adalah kelompok tertindas yang berusaha merebut kembali tanah suci mereka dari Creta: negara militeristik yang mencaplok negara mereka secara paksa. Di tengah badai politik ini, ada seorang gadis bernama Julia Crichton, yang dengan tegas berharap agar bangsa Milos mendapatkan kembali kekuatan mereka dan kembali menjadi bangsa yang damai.

Berteman dengan gadis itu, Edward dan Alphonse menemukan diri mereka berada di tengah-tengah perlawanan yang meningkat yang melibatkan penggunaan benda yang mereka cari selama ini-Batu Bertuah. Namun, pengalaman masa lalu mereka dengan batu tersebut membuat mereka ragu, dan kedua bersaudara ini tidak mau membantu.

Namun, ketika mereka menemukan rahasia di balik niat dan sejarah Creta yang dipertanyakan, kedua bersaudara ini terseret ke dalam pertempuran antara Milos yang memberontak, yang menginginkan kebebasan, dan militer Kreta, yang mencari kekuasaan absolut.