Di Shinryou Private Academy-sebuah sekolah mahal untuk murid-murid kaya-tidak ada yang menyangka akan bertemu dengan Suigin Riku yang hidup dalam kemiskinan. Ketika dia tidak sedang bekerja di salah satu dari sekian banyak pekerjaan paruh waktu untuk membayar uang sekolahnya, dia sering ditemukan bermain game RPG Dungeon Century, di mana dia telah membina hubungan dengan seorang teman online. Namun, ketika Dungeon Century ditutup, ia mengetahui bahwa orang yang ditaksirnya, Rei Riku yang baik hati, dan teman onlinenya adalah orang yang sama.

Namun, setelah pengungkapan ini, Rei diculik dan dibawa ke Grave Buster, yang merupakan game online baru dari pencipta Dungeon Century, yang memaksa Suigin memasuki dunia baru yang keras dari game berbayar untuk menang untuk menyelamatkannya. Gin no Guardian 2nd Season melanjutkan pencarian Suigin untuk menyelamatkan Rei, sambil berusaha memecahkan misteri permainan aneh ini.