Gintoki dan teman-teman Yorozuya-nya (atau lebih tepatnya, karyawan yang menderita pelanggaran ketenagakerjaan), Shinpachi dan Kagura, terus berjuang bertahan hidup di kota Edo yang futuristik dan dihuni alien. Mereka melakukan pekerjaan apa pun yang mereka temukan sambil berusaha untuk tidak terlibat dalam hal yang terlalu berbahaya. Namun ketika Katsura, pemimpin pemberontak Joui dan kenalan lama Gintoki, menghilang setelah diserang secara brutal oleh seorang pembunuh tak dikenal, Shinpachi dan Kagura memulai penyelidikan tentang keberadaannya dan identitas penyerangnya. Sementara itu, Gintoki mengambil pekerjaan yang tampaknya tidak berhubungan: pandai besi Tetsuya meminta Gin untuk mendapatkan kembali pedang aneh dan kuat bernama Benizakura yang baru saja dicuri.

Saat kedua penyelidikan tersebut secara bertahap beririsan, kru Yorozuya mendapati diri mereka berada di tengah konspirasi besar yang bergantung pada sifat jahat pedang Benizakura. Gintoki memutuskan untuk membawa pertarungan langsung ke markas musuh, dan bersama beberapa sekutu yang tak terduga, memulai salah satu tugasnya yang paling berbahaya.