Ketika Gintoki menangkap bajak laut film di sebuah pemutaran perdana, dia memeriksa rekaman kamera dan mendapati dirinya terbawa ke Edo yang suram dan pasca-apokaliptik, di mana wabah misterius yang disebut “Wabah Putih” telah menghancurkan populasi dunia. Ternyata bajak laut dalam film tersebut bukanlah bajak laut, melainkan mesin waktu android, dan Gintoki terlempar lima tahun ke masa depan! Shinpachi dan Kagura, rekan Yorozuya-nya, telah berselisih dan sekarang menjadi penjahat tunggal yang tangguh, sementara Gintoki sendiri telah menghilang selama bertahun-tahun, menghilang tanpa jejak setelah menuliskan pesan aneh di jurnalnya.

Berangkat dengan penyamaran yang diberikan kepadanya oleh mesin waktu android, Gintoki dengan ceroboh menyatukan kembali tim Yorozuya untuk menyelidiki Wabah Putih, dan segera menemukan bahwa kunci untuk menyelamatkan masa depan terletak pada kegelapan masa lalunya sendiri. Bertekad untuk menghadapi musuh yang kuat, dia membuat penemuan penting-dengan sekelompok teman dan sekutu di sisinya, dia tidak harus bertarung sendirian.