Kanenone Gakuen adalah sekolah asrama khusus laki-laki yang terletak di pedesaan Jepang. Meskipun sekolah khusus laki-laki bukanlah hal yang baru, hidup bisa menjadi cukup sulit ketika tidak ada siswa perempuan dalam radius bermil-mil. Untuk membantu kesehatan mental semua pihak yang terlibat, dewan sekolah telah memutuskan untuk mencoba menggabungkan diri dengan sekolah asrama khusus perempuan terdekat agar menjadi sekolah campuran. Para siswa laki-laki Kanenone sangat antusias dengan prospek tersebut, sementara para siswi penasaran bagaimana kehidupan sekolah akan menjadi lebih menarik jika ada lebih banyak siswa laki-laki di sekitar. Sebelum keputusan serius diambil, para siswi diundang untuk tinggal di Kanenone selama satu bulan sebagai uji coba.

Green Green mengikuti Yuusuke Takazaki dan teman sekamarnya yang nakal, yang disebut Trio Baka (Idiot), serta kemampuan mereka untuk berbicara dengan para siswi tanpa membuat diri mereka terlihat bodoh. Namun, begitu bus sekolah yang membawa para gadis tiba, segalanya menjadi aneh, penuh hormon, dan histeris. Khususnya, seorang gadis bernama Midori Chitose melompat dari bus dan langsung memeluk Yuusuke yang sangat bingung. Apakah dia seorang playboy alami, ataukah keduanya memiliki sejarah bersama yang tidak dia ketahui?