Setelah bersekolah di Akademi Mihama selama kurang lebih satu tahun, Yuuji Kazami tampaknya telah menemukan tempatnya di sekolah, tetapi tiba-tiba ia memutuskan untuk mengejar promosi di CIRS. Setelah berkonsultasi dengan JB tentang niatnya, mereka berdua memeriksa dokumen-dokumen Yuuji secara menyeluruh dan membedah peristiwa-peristiwa masa kecilnya untuk menentukan apakah pekerjaan itu cocok untuknya.

Sementara itu, tanpa sepengetahuan mereka berdua, para gadis Mihama menemukan beberapa dokumen robek di kamar Yuuji. Setelah mengembalikan dokumen-dokumen itu, mereka menemukan kisah yang telah membentuk—atau mungkin menghancurkan—Yuuji menjadi dirinya yang sekarang. Namun, apa yang dianggap sebagai sejarah telah menghantuinya hingga saat ini, dan belenggu masa lalu mulai menyeretnya kembali ke dalam kegelapan…