Kisah Gundam Build Fighters Try berlatar 7 tahun setelah akhir seri pertama. Kini, Klub Gunpla Battle Akademi Seiho hanya beranggotakan satu orang, Hoshino Fumina, siswa kelas tiga SMP. Sebagai ketua klub, ia membutuhkan dua anggota lagi untuk berpartisipasi dalam Kejuaraan Gunpla Battle Seluruh Jepang yang akan datang. Suatu hari, ia bertemu dengan seorang murid pindahan bernama Kamiki Sekai, yang telah berkeliling untuk berlatih Kenpo bersama gurunya. Kemudian, bergabunglah seorang pembuat Gunpla muda, Kousaka Yuuma, dan tantangan mereka dalam Gunpla Battle pun dimulai.