Setelah berakhirnya Hakuouki, Chizuru Yukimura dan Shinsengumi terpaksa melarikan diri dari Kyoto dan berlayar ke Edo. Karena komandan mereka, Isami Kondou, tidak hadir, wakil komandan Toshizou Hijikata menjadi komandan sementara. Namun, Hijikata tidak hanya berjuang dengan tugas kepemimpinan ekstra-yang membuat semua orang di sekitarnya khawatir-tetapi juga haus darah yang tak terkendali. Lebih buruk lagi, dorongan itu tidak hanya memengaruhi dirinya sendiri, dan bahkan mulai membuat beberapa bawahannya menjadi gila.

Akhirnya, Kondou kembali dengan perintah dari kaisar untuk mempertahankan kastil, dan nama baru untuk pasukan mereka: Kouyou Chinbutai. Namun dalam perang, keseimbangan kekuatan dapat berubah secara tiba-tiba dan kesetiaan dapat goyah. Dalam Hakuouki Hekketsuroku, Chizuru mengikuti Shinsengumi ke dalam jantung peperangan dan melanjutkan pencarian ayahnya yang hilang, sementara ikatan antara dia dan Hijikata semakin kuat.