Dengan bentang alamnya yang indah dan rakyatnya yang makmur, Jepang yang luar biasa membuat iri semua negara lain. Namun, ancaman serius membayangi negara ini. Penjaga misterius yang dikenal sebagai Master Samurai adalah satu-satunya pertahanan Jepang.

Atas perintah dewan mahasiswa, samurai muda Muneakira Yagyuu tiba di Sekolah Akademik Buou. Dikelola oleh Keshogunan Tokugawa, di sini anak-anak para pejuang diberikan pendidikan aristokrat yang diperlukan untuk menjalankan negara. Sekolah ini dipimpin oleh ketua OSIS Yoshihiko Tokugawa dan saudara perempuannya, Sen, yang juga merupakan teman masa kecil Muneakira.

Setibanya di akademi, Muneakira mendapati dirinya berada di tengah-tengah pertarungan yang mengerikan. Selama kekacauan, langit dipenuhi dengan cahaya putih yang aneh dan seorang gadis misterius bernama Juubei Yagyuu muncul dan tiba-tiba mencium Muneakira. Dengan ciumannya, dia membangkitkan kekuatan yang tidak diketahui yang melindungi mereka.

Siapakah gadis ini, dan dari mana asalnya? Muneakira mendapati dirinya terjerat dalam nasib negara dan ancaman yang akan mengguncang Jepang hingga ke intinya. Dia harus mempelajari rahasia di balik Master Samurai dan ciuman yang membangkitkan kekuatan Juubei untuk melindungi negaranya.