Inazuma Eleven Go: Chrono Stone berlatar belakang setelah Turnamen Sepak Bola Jalan Suci. Pahlawan saat itu, Tenma Matsukaze, berkeliling ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak.

Dia kembali ke SMP Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi yang mengejutkannya, SMP Raimon bukan lagi SMP Raimon yang dia ingat. Klub sepak bola sudah tidak ada, dan para anggota tim juara di Turnamen Sepak Bola Jalan Suci tidak ingat pernah ikut serta dalam turnamen tersebut. Mereka tidak ingat Tenma atau permainan sepak bola yang mereka sukai. Saat Tenma bingung dengan perubahan ini, Alpha, pemimpin Route Agents dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Alpha menyatakan bahwa dia dan timnya bertanggung jawab untuk memusnahkan hasrat terhadap sepak bola di Raimon beserta kenangan para anggota klub sepak bola: dan Tenma sendiri yang akan menjadi korban berikutnya.

Saat itulah seorang anak laki-laki aneh bernama Fei Rune muncul tepat pada waktunya untuk menyelamatkannya. Siapakah Fei, dan mengapa Alpha ingin menghapuskan sepak bola untuk selamanya? Tenma tahu bahwa dia harus melakukan segala cara untuk keluar sebagai pemenang. Ini adalah pertarungan yang dapat menentukan nasib sepak bola selamanya.