Dahulu kala, Suku Gurongi meneror Linto hingga seorang pejuang bernama Kuuga muncul dan mengalahkan Gurongi, menyegel pemimpin mereka di dalam sebuah gua. Saat ini, seorang pria multi-talenta bernama Yusuke Godai menemukan dirinya terhubung dengan sabuk batu misterius yang ditemukan di dalam gua yang digali saat Gurongi dibangkitkan dan melanjutkan permainan pembunuhan mereka terhadap keturunan Linto, umat manusia itu sendiri. Terserah pada Yusuke, bersama dengan Polisi Sains yang berkumpul, untuk menggunakan berbagai kekuatan Kuuga untuk menghentikan dan mengalahkan Suku Gurongi dari pembunuhan terus-menerus dan memastikan kebahagiaan orang lain. Namun, saat akhir permainan semakin dekat, Yusuke mengetahui bahwa ada rahasia mengerikan di balik Kuuga dan pemimpin Gurongi.