Pada November 1998, terjadi pembunuhan ganda di kompleks apartemen Ogawa yang baru dibangun di pusat Kota Mifune. Pelaku pembunuhan, Tomoe Enjou, melarikan diri dalam kepanikan. Dengan heran, ia tidak dikejar oleh polisi dan berita insiden tersebut tidak dilaporkan melalui media. Setelah Shiki Ryougi melindungi Tomoe dari sekelompok preman, ia mengizinkan Tomoe menggunakan tempat tinggalnya sebagai persembunyian. Namun, beberapa hari kemudian, Tomoe terkejut mengetahui bahwa ibunya masih hidup, meskipun ia yakin telah membunuhnya.

Secara kebetulan, Mikiya Kokutou sedang menyelidiki informasi yang diterima oleh rekan kerjanya, Touko Aozaki, mengenai pembunuhan di kompleks apartemen unik tersebut. Seiring ia mengungkap lebih banyak informasi tentang insiden tersebut, Mikiya mulai tertarik pada Tomoe. Memutuskan untuk menyelidiki lebih lanjut, Mikiya segera menemukan kebenaran mengerikan tentang kompleks Ogawa yang menakutkan.

Film kelima dari seri Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, menggabungkan misteri yang dirancang dengan rumit dengan tema dan karakter yang sudah dikenal untuk menghasilkan cerita gelap dan menggugah pikiran.