U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan “Kotak Laplace.”
Meskipun Piagam Abad Universal telah diwahyukan yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtype, kerangka kerja dunia belum banyak berubah.

Konflik yang kemudian dijuluki “Insiden Laplace” diperkirakan telah berakhir dengan tumbangnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Sleeves. Dalam pertempuran terakhirnya, dua pakaian bergerak dengan bingkai psiko penuh menunjukkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang harus benar-benar dilupakan.

Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, sekarang akan menunjukkan dirinya di Sphere Bumi sekali lagi. Seekor burung phoenix emas… bernama Phenex.