Mitsuha Miyamizu, seorang siswi SMA, mendambakan kehidupan anak laki-laki di kota Tokyo yang ramai-sebuah mimpi yang sangat kontras dengan kehidupannya saat ini di pedesaan. Sementara itu, di kota, Taki Tachibana menjalani kehidupan yang sibuk sebagai seorang siswa sekolah menengah sambil melakukan pekerjaan paruh waktu dan berharap untuk masa depan di bidang arsitektur.

Suatu hari, Mitsuha terbangun di sebuah ruangan yang bukan miliknya dan tiba-tiba mendapati dirinya menjalani kehidupan impian di Tokyo-tetapi dalam tubuh Taki! Di tempat lain, Taki mendapati dirinya menjalani kehidupan Mitsuha di pedesaan yang sederhana. Dalam mengejar jawaban atas fenomena aneh ini, mereka mulai mencari satu sama lain.

Kimi no Na wa. berkisah tentang tindakan Mitsuha dan Taki, yang mulai memberikan dampak dramatis pada kehidupan satu sama lain, menenunnya menjadi jalinan yang disatukan oleh takdir dan keadaan.