Setelah penutupan kasus “Laughing Man”, Seksi 9 dibentuk kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk melawan ancaman terorisme siber yang terus menerus.

Sebuah kelompok yang menamakan diri “The Individual Eleven” mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota Seksi 9 lainnya menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena para pengungsi asing yang terpaksa mengungsi akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun, saat anggota tim operasi khusus terus bertemu dengan Gouda Kazundo—seorang anggota utama Layanan Intelijen Kabinet—dalam perburuan mereka, mereka mulai mencurigai bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih terhubung daripada yang mereka sadari…