Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi metropolis yang sangat maju secara teknologi. Berkat kemajuan besar dalam bidang cybernetics, warga kota dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian-bagian robotik. Dunia kini lebih terhubung daripada sebelumnya, dan Bagian Keamanan Publik 9 kota ini bertanggung jawab untuk memberantas korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya seiring dengan pergeseran menuju globalisasi.

Mayor Motoko Kusanagi yang bertekad kuat dari Bagian 9 memimpin penyelidikan kasus yang melibatkan seorang hacker misterius yang dikenal sebagai “Puppet Master,” yang meninggalkan jejak korban yang kehilangan ingatan mereka. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Puppet Master hampir sepenuhnya robotik, memberikan mereka kekuatan yang luar biasa.

Saat Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius tersebut, pihak lain—termasuk Seksi 6—mulai terlibat, memaksa Motoko untuk menghadapi sifat kasus yang sangat rumit. Memikirkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa orang yang akan memberikan jawaban-jawaban tersebut tak lain adalah Puppet Master sendiri.