Setelah merayakan kemenangan mereka melawan Al-Thamen, Aladdin dan teman-temannya meninggalkan tanah Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tiba saatnya bagi mereka untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asal mereka, Kekaisaran Kou. Sementara itu, Aladdin mengumumkan bahwa ia harus pergi ke Magnostadt-negara misterius yang diperintah oleh para penyihir-untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih mahir dalam hal sihir. Karena terdorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana pun berangkat untuk mengejar tujuan mereka masing-masing: berlatih dan pulang ke kampung halamannya.

Magi: Kerajaan Sihir mengikuti para sahabat ini saat mereka menjalani petualangan masing-masing, masing-masing menghadapi tantangannya sendiri. Namun, ancaman baru mulai muncul saat perang besar membayangi…