Setelah berhasil kabur dari Museum Memori, Sayaka Miki kembali ke Kota Mitakihara dengan membawa berita yang meresahkan. Merasa terganggu dengan apa yang telah ia pelajari, Sayaka mengungkapkan kepada Madoka Kaname dan Homura Akemi tentang keberadaan Mami Tomoe-tetapi yang lebih penting lagi-kebenaran yang meresahkan di balik keberadaan gadis-gadis ajaib. Meskipun mengetahui nasib kejam yang menanti mereka, ketiganya dengan cepat memutuskan untuk bekerja sama dan menyelamatkan Mami untuk selamanya.

Sementara itu di Kota Kamihama, Yachiyo Nanami memburu berbagai “rumor” untuk mencari Hotel Fendt Hope, markas Wings of Magius. Organisasi gadis ajaib ini merupakan satu-satunya petunjuk bagi Yachiyo untuk menemukan Iroha Tamaki, yang menghilang dan masih diselimuti ketidakpastian. Bertekad untuk menyatukan kembali Tim Mikazuki Villa, Yachiyo bersumpah untuk menghancurkan Sayap Magius dan menghentikan rencana jahat mereka.

Di tengah situasi yang bergejolak, ancaman bencana mendekat, menghadirkan konflik mengerikan yang mengancam seluruh dunia.