Delapan tahun setelah kematian misterius ayahnya, Kaito Kuroba, seorang remaja yang sedikit nakal namun biasa saja, menemukan rahasia yang mengejutkan: Pencuri Hantu Kaito Kid—juga dikenal sebagai “Penyihir di Bawah Cahaya Rembulan”—tak lain adalah ayahnya sendiri. Mantan pencuri itu dibunuh oleh organisasi kriminal yang mencari batu mistis bernama Permata Pandora, yang konon meneteskan air mata saat Komet Lembah yang datang setiap sepuluh ribu tahun sekali. Ketika air mata itu habis, permata itu konon memberikan keabadian.

Bersumpah untuk mengadili mereka yang bertanggung jawab atas kematian ayahnya, Kaito mengenakan penyamaran Pencuri Hantu, mencuri permata tak ternilai setiap malam untuk menemukan Permata Pandora sebelum musuh-musuhnya dapat memanfaatkan kekuatannya.