Dalam sebuah usaha yang gegabah untuk menyelamatkan ayahnya dan planet asalnya, Eltria, yang sedang sekarat, Kyrie Florian dikhianati oleh teman masa kecilnya, Iris. Selain itu, kekuatan yang Kyrie kumpulkan dari Nanoha Takamachi dan pelindung Bumi lainnya tidak dapat digunakan untuk membantu ayahnya.

Iris mengesampingkan Kyrie yang putus asa, setelah mendapatkan apa yang diinginkannya untuk membalas dendam pada Yuri Eberwein, makhluk kuat yang terbaring tak aktif di Bumi. Dengan hanya tinggal memungut sisa-sisa, Nanoha dan sekutunya harus menghadapi Iris yang merepotkan untuk mengungkap kebenaran dan menghentikan konflik antara dia dan Yuri.

Namun, di tengah-tengah pertempuran yang berkecamuk, ancaman yang jauh lebih berbahaya terus mengintai. Apa pun rintangannya, Nanoha tetap tekun dan tidak ragu-ragu membantu mereka yang membutuhkan dengan sihirnya.