Nanoha Takamachi, seorang anak kelas tiga SD biasa, sangat menyayangi keluarga dan teman-temannya lebih dari segalanya. Suatu hari, setelah bermimpi aneh tentang seekor musang yang terluka, ia melihat musang yang sama di dunia nyata dan menyelamatkannya. Musang itu ternyata adalah Yuuno Scrya, seorang penyihir dari dunia lain yang berusaha menangkap 21 Biji Permata yang tersebar sebelum menyebabkan kerusakan serius pada alam semesta. Yuuno tidak cukup kuat untuk menangkap Jewel Seeds sendirian, jadi dia memberi Nanoha perangkat cerdas “Raising Heart” dan mulai melatihnya sebagai penyihir.

Sayangnya, Jewel Seeds yang kuat menarik mereka yang berniat buruk. Penyihir lain, Fate Testarossa, sangat ingin mengumpulkan benih-benih itu untuk suatu tujuan yang tidak diketahui dan menyeramkan, meskipun tatapan serius di matanya membuat Nanoha berpikir bahwa ada lebih banyak hal tentang Takdir daripada yang terlihat. Mahou Shoujo Lyrical Nanoha: The Movie 1st adalah penceritaan ulang dari seri aslinya, yang menceritakan kisah dua penyihir muda dan bagaimana emosi mereka yang kuat membentuk tindakan mereka.