Nanoha Takamachi, seorang siswi kelas tiga yang biasa-biasa saja dan senang menghabiskan waktu bersama keluarga dan teman-temannya, menyelamatkan seekor ferret yang terluka yang dia impikan malam sebelumnya. Keesokan harinya, ferret itu berteriak padanya secara telepati, memintanya untuk menyelamatkannya. Ferret itu memperkenalkan dirinya sebagai Yuuno Scrya, seorang penyihir dari dunia lain yang berusaha mengumpulkan 21 Biji Permata berbahaya yang secara tidak sengaja tersebar di seluruh dunia. Dia meminta bantuan Nanoha, memberinya tongkat sihir Raising Heart, dan mengajarkannya cara menjadi penyihir yang kuat.

Beberapa hari kemudian, setelah mengumpulkan beberapa Biji Permata, penyihir lain muncul: Fate Testarossa. Lebih kuat dari Nanoha, Fate menolak mengungkapkan alasannya dalam mengumpulkan Biji Permata. Nanoha merasakan kesedihan di matanya, tetapi Fate menolak berkomunikasi. Disutradarai oleh Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha adalah cerita tentang bentrokan emosi ketika tujuan bertabrakan.