Gadis-gadis muda di Mitakihara dengan senang hati menjalani hidup mereka, sesekali melawan kejahatan, tetapi sebaliknya menjalani rutinitas sehari-hari yang damai. Namun, Homura Akemi merasa ada yang tidak beres dengan suasana yang luar biasa menyenangkan ini-meskipun yang lain tidak menyadarinya, ia curiga ada sesuatu yang lebih dari yang terlihat: seseorang yang seharusnya tidak ada, saat ini hadir dan ikut serta dalam kegiatan mereka.

Mahou Shoujo Madoka★Magic Movie 3: Hangyaku no Monogatari mengikuti Homura dalam perjuangannya untuk mengungkap kebenaran yang menyakitkan di balik keadaan misterius, saat ia dengan egois dan putus asa berjuang demi cintanya yang tak lekang oleh waktu dalam akhir yang penuh dengan keputusasaan dari kisah lima gadis ajaib.