Sepuluh tahun yang lalu, ilmuwan jahat Dr. Hell memimpin para pengikutnya yang jahat, yang dikenal sebagai Kekaisaran Bawah Tanah, dalam sebuah perjuangan untuk menghancurkan seluruh umat manusia. Melawan kekuatan inilah pahlawan muda Kouji Kabuto bertempur, mengemudikan robot super legendaris “Mazinger Z.” Kemenangan Kouji menghentikan rencana jahat Dr. Hell dan mengembalikan kedamaian ke Bumi.

Kini Kouji telah meninggalkan kursi pilot dan menjadi seorang ilmuwan, mengikuti jejak ayah dan kakeknya. Namun, sebuah pertemuan tak terduga di bawah Gunung Fuji memicu ancaman yang lebih besar bagi umat manusia daripada sebelumnya dan mengubah takdir Kouji selamanya. Dengan nasib umat manusia di tangan mereka, Kouji dan Mazinger Z menghadapi pilihan antara kebaikan… dan kejahatan.