Lokasi kali ini berada di laut dekat pulau Hachijo-jima, Tokyo. Para insinyur dari seluruh dunia telah berkumpul untuk pengoperasian skala penuh “Pacific Buoy,” fasilitas lepas pantai untuk menghubungkan kamera keamanan yang dimiliki oleh kepolisian di seluruh dunia. Uji coba “teknologi baru” tertentu berdasarkan sistem pengenalan wajah sedang berlangsung di sana.

Sementara itu, Conan dan Detective Boys mengunjungi Hachijo-jima atas undangan Sonoko dan menerima telepon dari Subaru Okiya yang memberitahukan bahwa seorang karyawan Europol telah dibunuh di Jerman oleh Jin Organisasi Hitam.

Conan, yang merasa gelisah, menyelinap masuk ke dalam fasilitas tersebut dan menemukan bahwa seorang insinyur wanita telah diculik oleh Organisasi Hitam…! Selain itu, drive USB yang berisi informasi tertentu yang dimilikinya berakhir di tangan organisasi tersebut… Bayangan hitam juga merayap pada Ai Haibara …